應用經脈理論及背俞穴的治療方式，其方法以針刺方式治療臟腑的疾病：《素問·長刺節論》：“治寒熱深專者，刺大藏，迫藏刺背，背俞也，刺之迫藏，藏會，腹中寒熱去而止”。除了針刺法外，在《內經》中亦指出背俞穴，可刺可灸，可放血可按壓。在《靈樞·官針》:”一曰輸刺，輸刺者刺諸經榮輸臟腧也。”《靈樞·背俞》“灸之則可，刺之則不可。氣盛則瀉之，虛則補之。”《素問·刺瘧論》“瘧脈滿大．急刺背腧，用中針，旁五卻腧各一，適肥瘦出其血也。”
此外，按摩、推拿、導引等方式，亦是大量使用在脊背上的治療：《素同·舉痛論》“寒氣客于背腧之脈則脈澀，脈澀則血虛，血虛則痛，其輸注于心，故相引而痛．按之則熱氣至，熱氣至則痛止矣。”在《諸病源候論》亦指出：“為斷皮肉骨髓，傷筋脈，皆是卒然致損，故氣血隔絕，不能周榮，所以需善系縛、按摩、導引，令其氣血復也。”
對於背俞穴的治療方法常用的，有毫針、電針、針刺拔罐合用、溫灸、溫敷、拔罐、梅花針、按摩、推拿、挑刺、刺血、拔罐刺血合用、埋線、藥物注射以及貼藥等。一般急性痛症多用毫針配合電針，慢性病症多用溫灸，皮膚病症多用梅花針和拔罐刺血合用，神智性病症多用毫針配合梅花針，藥物注射和埋線療法運用於各類病症。針刺時應謹慎小心，因為背俞穴鄰近內臟重要器官。據古代文獻記載，針刺背俞穴都較淺，均刺3分深左右。現今一般在十二胸椎以上的背俞穴，可斜刺5分～1寸深；在十二胸椎以下的背俞穴，可斜刺1～1.5寸深，進針的方向是朝脊椎側。
此外，穴位的定位選取，依據內經中的「以痛為輸」、唐代千金藥方之「阿是穴」、與醫學綱目之「天應穴」的應用，即“阿是取穴”，為臨床治療取穴的主要方法。阿是穴的特性有：
①反應病候：在疾病的情況下，人的體表出現阿是穴，它具有反應疾病的性能。肌肉、筋骨、臟腑發生病變，都會在人體相關的部位反應出阿是穴。如：頸椎病，在病變的棘突水準兩側；肩周炎，在肩的周圍；腰椎間盤突出症，在突出椎間盤棘突水準兩側；腰椎橫突症，在腰椎病變的橫突附近；人體某部損傷，在傷的局部；肝病，在肝區；脾大腹脹，在左肋下；腎病，在背部腎區等部位均可出現阿是穴。這些阿是穴是疾病在體表的反應。
②反應物的聚結處：阿是穴不但反應疼痛，而且在疼痛的部位，出現條、扁平、圓形、橢圓、條索等形狀反應物；腰椎病，在兩髂骨上緣痛點出現圓狀、橢圓狀反應物；足痛不履地，在足弓內側痛點出現條狀反應物；風濕性關節炎，在膝周圍疼點出現條狀反應物；胃痛，在腹部痛點皮下出現條狀反應物；腸痛，在小腹痛點皮下出現橢圓或條狀反應物等。這些反應物隨病的發展而結聚。具有反應病的輕重和病程長短的性能。臨床觀察：病程越長反應物越大。臨時出現的病症只有痛點而無反應物。凡有反應物的部位，都存在不同程度的疼痛。
③隨病消長：在人體任何部位都、可出現阿是穴。有的不在經，不在穴；有的在經，在穴。平時人體無病不存在阿是穴，只有某部發生病變前提下才會顯示出來的臨時性腧穴，在體表反應出疼痛及反應物。一旦產生阿是穴；在位置上就不會轉移。隨病產生，隨病情變化而變化。如：病輕反應小，病重反應大，病程長反應重，病程短反應輕。治療過程中疾病好轉，阿是穴疼痛緩解；疾病未好轉，阿是穴疼痛無改善；疾病治癒，阿是穴疼痛消失。
④主治疾病：阿是穴主治與之相關的疾病。在《內經》就指出“以痛為輸”，告戒醫者疼痛的點就是穴位。它即能反應疾病，也能治療疾病。《千金方》說：“人有病痛，即令捏其上，若裏當其處，不問孔穴，即得便快或痛，即雲阿是，灸刺皆驗。”《玉龍歌》中說：“渾身疼痛疾非常，不定穴中細審詳，有筋有骨須淺刺，灼艾臨時要度量。”取阿是穴一般以治療各種局部性痛症為主，還可以治療軀體病、臟腑病以及，任何與之相關的病症。只要診斷正確，手法適當，往往收到立竽見影之功效。如：頸項痛，阿是穴在左側胸鎖乳突肌，在此施撥揉手法，當阿是穴緩解後，頸項痛治癒；岔氣呼吸疼痛，阿是穴在脅肋，施用點撥手法使疼痛、岔氣消失；胃痛，阿是穴在腹有條狀反應物，按摩此部，疼痛消失，反應物軟化，胃痛治癒。
無論使用何種治療方法，對於以脊背區域組織群為標的之治療手段，都是在解決或是刺激這些組織群的不正常狀態、或是其病理狀態，導引其回復到正常狀態的過程。以使經絡的氣血循環得以流暢無阻，讓經脈、絡脈所循行聯通的臟腑、組織器官亦可以恢復正常運作。
